Việc phân công quản lý theo từng nhóm sản phẩm, quá trình đã giúp cơ quan nhà nước cũng như các doanh nghiệp nắm rõ chức năng, nhiệm vụ của mình. Tuy nhiên, sau một thời gian hoạt động, nhận thấy việc phân công có những bất cập khi một doanh nghiệp còn chịu sự quản lý của nhiều bộ ngành dẫn đến phiều hà, mất nhiều thời gian cũng như công sức của cả doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước, thông tư liên tịch 13 ra đời theo nguyên tắc “ một sản phẩm, một cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ chịu sự quản lý của một cơ quan quản lý nhà nước “
Thông tư quy định:
1. Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 bộ trở lên trong đó có sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế thì Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý.
2. Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương thì Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm quản lý.
3. Đối với cơ sở kinh doanh nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 Bộ trở lên (bao gồm cả chợ và siêu thị) thì Bộ Công Thương chịu trách nhiệm quản lý trừ chợ đầu mối, đấu giá nông sản do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.
4. Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng thực phẩm trừ những loại dụng cụ, vật liệu bao gói chuyên dụng gắn liền và chỉ được sử dụng cho các sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương.
5. Nếu có phát sinh, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Liên bộ giải quyết hoặc báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong trường hợp cần thiết.
Danh mục các thực phẩm, nhóm thực phẩm thuộc quản lý của ba Bộ được quy định trong phụ lục đi kèm.
Ngoài ra, thông tư cũng hướng dẫn các nguyên tắc trong việc phối hợp thanh, kiểm tra giữa các cơ quan, Bộ ngành và trách nhiệm xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm cho các cá nhân, doanh nghiệp trong lĩnh vực liên quan.